Здесь я наверно не разобрался до конца, тоже начал пробовать, по рекомендациям в форме.
Я думал, что при написании книги, отдельно пишущиеся пронумерованные главы будут, каким то образом собраны в отдельную папку что ли, при открытии которой можно ознакомиться с содержимым на текущем этапе. А получается, что происходит только нумерация глав, а к какой книге они привязаны? А если у меня в работе две-три книги из нескольких глав? Буду пробовать…
Также не могу найти пока как можно дать комментарии в виде предисловия от автора. Например, есть несколько небольших рассказов неизвестных авторов, которые я не хочу потерять чтобы потом объединить, и об этом хочу предупредить читателя, мол это не мое, но мною собираемо… Если только, к каждому такому рассказу давать аннотацию с таким предисловием....?

По преимуществам, наверно вы правы.
Я не могу говорить о недостатках прозы.ру — не тестил. Из «местных» недостатков отметил для себя некорректную работу правки текста (форматирование) с помощью предлагаемого редактора, невозможность загружать текст в исходной редакции (п/ж, курсив — у меня почему то слетают). Мне как далекому от языков программирования, — установка тегов при нажатии на кнопку «курсив», неудобна т.к., сливаясь с основным текстом, не дает понимания как будет выглядеть текст для читателя; а на просмотре иногда отображается курсив, иногда нет — то же самое получается и в опубликованном материале — рулетка. Может, конечно, это только у меня такие проблемы.
Далее. Мне не хватает рубрики/раздела «религия», т.к. большинство моих текстов так или иначе в этой тематике. Публиковать в эзотерике не могу по этическим соображением, т.к. основные мировые религии нельзя относить к этом разделу. Приходится публиковать под «вывеской» философская проза.
Как то так пока… Из того, что сразу бросилось в глаза